iota Sciences isoCell, User Manual

For detailed instructions on best practice when preparing the cell-suspension,
refer to the 

single-cell suspension preparation guidelines (available on the

iotaSciences customer portal

).

The 

plate program will dispense the cell-suspension fluid to the GRID chambers. The

probability of chambers containing a single cell is determined by Poisson statistics. A
dilution ratio of 5000 cells per millilitre maximises this probability, and leads to (on
average) 94 out of 256 chambers containing a single cell.

The cell-suspension tube does not need to be placed onto the isoCell bed at
the beginning of the 

plate program. Rather, best practice is for the user to

agitate the sample until the isoCell prompts the user to place the tube onto
the bed. This helps to prevent the cells from settling, thus maximising the
adherence to Poisson statistics.

For higher throughput, up to four dishes (with pre-formed GRIDs) can be plated
sequentially in a single run of the plate program. It is not necessary to use the same
cell-suspension for all dishes when plating sequentially, since the dispensing system
is washed and sterilised between dishes.

Input data

Once cells have been plated into chambers, the chambers that contain single cells
need to be identified, and the corresponding GRID-coordinates need to be
determined.

This is facilitated through use of the reference stage (supplied), on which each
chamber’s GRID-coordinate is etched. Remove the plated dish from the isoCell, and
place it on the reference stage, ensuring that the triangular protrusion of the
locating ring fits into the triangular notch of the reference stage. Using a microscope,
identify the GRID-coordinates of all chambers containing a single cell.

A single-cell microscope notebook is supplied for ease of recording GRID-
coordinates of single-cell chambers. Once exhausted, fresh notebook pages
can be downloaded for printing from the 

iotaSciences customer portal

.

Once the GRID-coordinates of single cells have been determined, the 

input data

program is used to store these coordinates in the isoCell’s memory. The stages in the
program are as follows:

1. 

Select user. The user should select their own username. If the user is using the
isoCell for the first time, they will have to enter a new username at this point.