Nikon A1+, User Manual

9 

Pre-scan acquisition settings

*Consult the labelled diagram of the A1Plus Compact GUI (page 10) if you're not sure   

where  any of the buttons mentioned below are

1.  Before you can scan with the lasers you have to remove the laser interlock by 

pressing the red “Remove Interlock button”. 

2.

  The scan direction buttons indicate unidirectional and bidirectional scanning.  When 

bidirectional mode is selected the image acquisition frame rate doubles.  Only 
consider bidirectional mode when carrying out a live cell experiment.

3.

  Select an image size (e.g. 512x512 pixels in xy).  The size affects the xy image 

sampling with larger sizes resulting in smaller um/pixel values and thus better 
spatial resolution but the scan time is also increased. The most commonly used 
sizes are 512 or 1024.

4.

  Now choose a scan speed, start by selecting the lowest number when the control 

by “Pixel dwell” option is enabled.  Higher values represent a longer pixel dwell and 
hence a slower scan.  You may need to use a slower scan speed if your signal is 
low but this could 
increase the 
photobleaching rate.

5.  Ensure that the “Normal” and “Ch Series” buttons are enabled (green). 

Channel Series enables sequential scanning mode which means only one 
laser is scanning at any particular time.  If Channel Series is turned off then 
all lasers scan simultaneously which can lead to fluorescence crosstalk 
where emission from one fluorophore is detected by more than one detector. 

6.

Press the “Optimal Pinhole” button, this sets the detection pinhole to a diameter that 
gives the best compromise between light throughput, noise and resolution.  Closing 
the pinhole results in a thinner optical 
section and better lateral and axial 
resolution due to rejection of out of focus 
light.