Partec PARASTATION5 V5, Administrator'S Manual

ParaStation5 Administrator's Guide

iii

Table of Contents

1.  Introduction  .................................................................................................................................  1

1.1.  What  is  ParaStation  .........................................................................................................   1
1.2.  The  history  of  ParaStation  ................................................................................................   1
1.3.  About  this  document  ........................................................................................................   2

2.  Technical  overview  .....................................................................................................................   3

2.1.  Runtime  daemon  ..............................................................................................................  3
2.2.  Libraries  ...........................................................................................................................  3
2.3.  Kernel  modules  ................................................................................................................   3
2.4.  License  ............................................................................................................................   4

3.  Installation  ..................................................................................................................................   5

3.1.  Prerequisites  ....................................................................................................................   5
3.2.  Directory  structure  ............................................................................................................   6
3.3. Installation via RPM packages ..........................................................................................  7
3.4. Installing the documentation .............................................................................................  9
3.5.  Installing  MPI  .................................................................................................................   10
3.6.  Further  steps  ..................................................................................................................  10
3.7.  Uninstalling  ParaStation5  ................................................................................................   11

4.  Configuration  ............................................................................................................................   13

4.1. Configuration of the ParaStation system ..........................................................................  13
4.2. Enable optimized network drivers ....................................................................................  14
4.3.  Testing  the  installation  ....................................................................................................   15

5.  Insight  ParaStation5  ..................................................................................................................   17

5.1. ParaStation5 

pscom

 communication library ......................................................................  17

5.2. ParaStation5 protocol p4sock .......................................................................................... 17

5.2.1. Directory 

  /proc/sys/ps4/state

 ....................................................................  18

5.2.2. Directory 

/proc/sys/ps4/ether

 ....................................................................... 18

5.2.3. Directory 

/proc/sys/ps4/local

 ....................................................................... 19

5.2.4. 

p4stat

  ...............................................................................................................  19

5.3. Controlling process placement ........................................................................................  19
5.4. Using the ParaStation5 queuing facility ............................................................................ 20
5.5. Exporting environment variables for a task ....................................................................... 20
5.6. Using non-ParaStation applications .................................................................................  20
5.7.  ParaStation5  TCP  bypass  ...............................................................................................   21
5.8. Controlling ParaStation5 communication paths .................................................................  21
5.9. Authentication within ParaStation5 ................................................................................... 22
5.10. Homogeneous user ID space  ....................................................................................... 23
5.11.  Single  system  view  .......................................................................................................   23
5.12.  Parallel  shell  tool  ..........................................................................................................   23
5.13.  Nodes  and  CPUs  .........................................................................................................   23
5.14.  Integration  with  AFS  .....................................................................................................   24
5.15. Integrating external queuing systems .............................................................................  24

5.15.1. Integration with PBS PRO ..................................................................................  25
5.15.2. Integration with OpenPBS ..................................................................................  25
5.15.3. Integration with Torque ......................................................................................  25
5.15.4.  Integration  with  LSF  ...........................................................................................   25
5.15.5. Integration with LoadLeveler ...............................................................................  25

5.16.  Multicasts  .....................................................................................................................   25
5.17.  Copying  files  in  parallel  .................................................................................................  26
5.18. Using ParaStation accounting .......................................................................................  26
5.19. Using ParaStation process pinning ................................................................................  27
5.20.  Using  memory  binding  ..................................................................................................   27
5.21. Spawning processes belonging to all groups ..................................................................  27
5.22. Changing the default ports for psid(8) ............................................................................  27

6.  Troubleshooting  ........................................................................................................................   29

6.1. Problem: psiadmin returns error  .................................................................................... 29